Les commissions professionnelles consultatives sont présidées par l'un de leurs membres choisi alternativement parmi les employeurs et parmi les salariés. Le président est assisté lorsqu'il est employeur d'un vice-président salarié et inversement. La première présidence est déterminée par le sort. La durée des fonctions des intéressés est de deux ans.

Le président et le vice-président sont élus simultanément au début de chaque période biennale, respectivement par les représentants des employeurs et par ceux des salariés.

Le comité interprofessionnel consultatif est présidé par le ministre de l'éducation nationale ou son représentant.