La deuxième section constitue le corps du rapport. Elle doit distinguer les conditions de réalisation de l'opération, la description raisonnée des données et les propositions d'interprétation. Elle comporte au moins les éléments suivants :
1° Etat des connaissances avant l'opération : le rapport présente les informations essentielles relatives aux contextes géologique, environnemental, archéologique et historique du site.
2° Stratégie et méthodes mises en oeuvre : le rapport présente la démarche adoptée ainsi que les méthodes et techniques d'investigation : études documentaires et archivistiques ; méthodes de prospection, décapage, sondage ou fouille, en précisant le degré de reconnaissance de la série sédimentaire. Il détaille les protocoles d'enregistrement et de traitement des données et des vestiges archéologiques, des prélèvements et de l'étude environnementale.
Il précise le volume et l'organisation des moyens humains et techniques mis en oeuvre, le calendrier de réalisation, et évoque les éventuelles contraintes. Ainsi, il indique les aspects de la prescription qui n'ont pu être pris en compte ou qui n'ont pas fourni de résultats ainsi que les difficultés rencontrées dans la mise en oeuvre du projet d'intervention.
Il signale les études et analyses complémentaires en cours dont les résultats sont attendus, en précisant leurs échéances.
En cas de sondages négatifs dans un diagnostic, ce caractère doit être explicite et précisé : contraintes techniques, modalités d'intervention, état et nature des terrains, profondeurs d'investigation, moyens humains et techniques mis en oeuvre.
3° Description archéologique : le rapport détaille les acquis de l'opération. Il comporte une analyse raisonnée des données constituées à cette occasion. Il précise la source des autres informations utilisées.
Le rapport présente la hiérarchisation progressive des données - faits, phases, périodes - en s'appuyant notamment sur l'analyse de la stratigraphie, des structures et du mobilier, et s'attache à identifier et à caractériser des ensembles archéologiques cohérents sur un plan spatial, fonctionnel et chronologique.
Les documents graphiques et photographiques nécessaires à la justification des descriptions, des chronologies et interprétations accompagnent l'exposé.
Les études et analyses spécialisées sont mises en corrélation avec les résultats des fouilles.
4° Plans et relevés : le rapport fournit d'une part les plans masses figurant les données générales sur le chantier, d'autre part, des relevés de détail, précisant les observations faites dans chaque zone d'intervention. Ces documents, référencés par un code identifiant, sont légendés, situés géographiquement et fournis à un facteur d'échelle simple parfaitement lisible, complétés systématiquement d'un repère d'orientation et d'une échelle graphique.
Les plans masses et relevés généraux portent la délimitation de toutes les zones ouvertes au cours de l'opération et la référence précise permettant l'identification, en emplacement, en profondeur et en géométrie, de tous les sondages, carottages et décapages réalisés, positifs ou négatifs. Les limites et références cadastrales y sont reportées.
Les plans et relevés de détail sont positionnés et référencés par rapport au plan d'ensemble. Ils sont raccordés au nivellement général du chantier et au système national de référence altimétrique. La stratigraphie, les structures et les principaux vestiges mobiliers et immobiliers rencontrés sont précisément figurés ainsi que la nature et l'altitude de la totalité des séries sédimentaires rencontrées, substrat géologique compris là où il est atteint.
5° Conclusion : la conclusion du rapport de diagnostic récapitule les principaux résultats et formule des propositions d'interprétation des fonctions du site et des éventuelles phases de son occupation, en le replaçant dans un contexte régional. Elle comporte une évaluation du niveau de complexité des ensembles stratigraphiques et des structures observés, de leur volume, de leur extension présumée et de leur état de conservation.
La conclusion du rapport final présente une synthèse des résultats de la fouille, établit des corrélations avec des structures ou des sites similaires et formule une interprétation culturelle des ensembles étudiés. Enfin, elle propose une estimation de la représentativité des résultats sur un plan territorial, chronologique et fonctionnel.