Une aide d'urgence exceptionnelle peut être accordée à l'étudiant qui rencontre des difficultés particulières. Elle peut être ponctuelle ou annuelle selon les situations constatées. Une Commission nationale est chargée de l'examen des demandes. La commission comprend :

- un représentant de la direction des affaires maritimes ;
- un représentant d'une direction interrégionale de la mer ;
- un représentant du service social maritime ;
- au moins un représentant de la direction du lycée.

Le secrétariat de la Commission nationale est assuré par le bureau des établissements d'enseignement maritime de la direction des affaires maritimes. La commission émet un avis d'attribution ou de non-attribution dans la limite des crédits disponibles, qui est transmis à la direction interrégionale de la mer de rattachement. La décision d'attribution ou de non-attribution est notifiée à l'ensemble des demandeurs.