Est désigné sous l'appellation « site Natura 2000 petite montagne du Jura » (zone de protection spéciale FR 4312013) l'espace délimité sur les quatorze cartes au 1/25 000 ci-jointes, s'étendant dans le département du Jura :
- sur la totalité du territoire des communes suivantes : Arinthod, Aromas, Beffia, La Boissière, Cernon, Chambéria, Charnod, Chatonnay, Chavéria, Chemilla, Chisséria, Coisia, Condes, Cornod, Cézia, Dessia, Dompierre-sur-Mont, Dramelay, Fétigny, Genod, Lains, Lavans-sur-Valouse, Légna, Maisod, Marigna-sur-Valouse, Monnetay, Montrevel, Moutonne, Onoz, Orgelet, Saint-Hymetière, Sarrogna, Savigna, Thoirette, Valfin-sur-Valouse, Vescles, Villeneuve-lès-Charnod, Vosbles, Ecrille ;
- sur une partie du territoire des communes suivantes : Charchilla, Coyron, Gigny, Louvenne, Meussia, Montagna-le-Templier, Montfleur, Plaisia, Saint-Julien, La Tour-du-Meix.