Ces commissions ont compétence dans les domaines d'activité suivants :
Commission interdisciplinaire n° 1 : physique et chimie des interactions et des assemblages biologiques ;
Commission interdisciplinaire n° 2 : bio-informatique, mathématiques et modélisation des systèmes biologiques ;
Commission interdisciplinaire n° 3 : cognition, langage, traitement de l'information : systèmes naturels et artificiels ;
Commission interdisciplinaire n° 4 : environnement continental : logiques et fonctionnements des écosystèmes ;
Commission interdisciplinaire n° 5 : astroparticules.