La direction du budget comprend, outre le bureau des ressources humaines et des services, sept sous-directions.
La première sous-direction est chargée de la définition de la politique budgétaire, de son exécution et de la synthèse budgétaire. Elle est également en charge du développement du contrôle de gestion dans l'administration et de l'informatique de la direction.
La deuxième sous-direction est chargée de la politique salariale et de l'emploi dans la fonction publique et le secteur public ainsi que des questions statutaires et indemnitaires concernant les personnels civils et militaires de la fonction publique.
La troisième sous-direction est chargée des budgets des ministères suivants : économie, finances et budget ; justice ; services du Premier ministre ; éducation nationale ; jeunesse et sports ; culture et communication.
La quatrième sous-direction est chargée des budgets des ministères et services suivants : industrie ; commerce et artisanat ; transports ; recherche ; poste ; télécommunications. Elle est également chargée de la parafiscalité.
La cinquième sous-direction est chargée des budgets des ministères suivants : défense ; mer ; intérieur ; D.O.M.-T.O.M. ; équipement ; logement ; tourisme ; aménagement du territoire. Elle est également chargée des collectivités locales et de la construction navale.
La sixième sous-direction est chargée des budgets des ministères suivants : travail ; emploi ; affaires sociales et santé ; anciens combattants. Elle est également chargée des pensions de l'Etat, des régimes de protection sociale, des rapatriés et de l'immigration.
La septième sous-direction est chargée des budgets des ministères suivants : agriculture ; affaires européennes ; environnement ; affaires étrangères ; coopération ; commerce extérieur. Elle suit l'élaboration et l'exécution du budget communautaire et assure la coordination du suivi de l'ensemble des politiques européennes.