Le programme des formations du cycle spécialisé est arrêté chaque année par le directeur général de la comptabilité publique, sur proposition du directeur de l'Ecole nationale du Trésor public.
Il comporte principalement :
Un enseignement technique sur les missions et les métiers du Trésor public ;
Un enseignement spécialisé portant sur la comptabilité générale et l'analyse financière ;
Un enseignement général sur le management, la gestion des ressources humaines et la logistique ;
Un enseignement pratique sur les technologies de l'information et de la communication.
Au sein de ces enseignements, certains cours peuvent avoir un caractère optionnel.