Les fonctions de l'agent comptable et des ordonnateurs de chaque comité sont définies par le décret du 7 novembre 2012 susvisé.

Par dérogation à l'article 9 de ce décret, en qualité de chef des services financiers, l'agent comptable du groupement comptable peut effectuer des tâches relevant de la compétence de l'ordonnateur de chaque comité de protection des personnes et il peut avoir en charge :

- l'élaboration du budget initial et des budgets rectificatifs ;

- la liquidation des dépenses et des recettes ;

- la saisie dans le système d'information comptable des éléments relatifs aux dépenses et aux recettes, ainsi qu'aux données du budget.

L'agent comptable - chef des services financiers ne dispose d'aucun pouvoir de décision de nature à engager juridiquement l'établissement et ne peut recevoir aucune délégation de pouvoir ou de signature de la part de l'ordonnateur. Il n'a qu'un rôle de préparation d'actes et d'opérations.

L'exécution des opérations de recettes, de dépenses et de trésorerie ainsi que la tenue de la comptabilité générale sont réalisées de manière distincte par l'agent comptable pour chacun des comités de protection des personnes membres du groupement.