Le LPO doit disposer de procédures comportant un « système de gestion de la qualité » qui permette de s'assurer de la conformité à toutes les exigences réglementaires appropriées de manière à établir et maintenir une totale conformité avec les normes de contrôle, les standards et les procédures. Ce système permet de détecter toute déficience et d'y remédier par des actions correctrices. Il met à la disposition des personnels chargés d'organiser les contrôles une documentation technique appropriée exposant de façon claire les procédures à suivre. Le système de gestion de la qualité doit à tout moment garantir un niveau de qualité des contrôles.