Le Conseil supérieur d'étude des réserves des forces armées dispose d'un secrétariat permanent, placé sous l'autorité d'un officier général désigné par le ministre de la défense.

Le secrétariat permanent assure le fonctionnement courant du Conseil supérieur d'étude des réserves des forces armées. Il reçoit en particulier les propositions d'inscription à l'ordre du jour des réunions plénières du conseil, vérifie qu'elles relèvent de la compétence du conseil et les soumet au président. Il est responsable de l'organisation et du déroulement des séances, en rédige les procès-verbaux et en assure la diffusion auprès des membres du conseil.