L'ordre du jour du conseil scientifique est fixé par le directeur général de l'institut.

Peuvent être entendues sur sa proposition, par le conseil scientifique, des personnalités qualifiées désignées par le directeur général en raison de leur compétence particulière sur une question de l'ordre du jour ; il peut également inviter des experts à donner leur avis écrit au conseil scientifique sur une question de l'ordre du jour.

Il est constitué une délégation permanente de sept membres qui comprend, sous la présidence du président du conseil scientifique, cinq membres appartenant à chacun des collèges A 1, B 1, A 2, B 2 et C, élus par le conseil, et un membre du conseil nommé par le directeur général de l'institut. Le vice-président du conseil scientifique assiste avec voix consultative aux réunions de la délégation permanente. Il supplée le président en cas d'empêchement de ce dernier.

La délégation permanente est consultée sur la préparation des travaux du conseil scientifique et, en cas d'urgence, sur toute question autre que le recrutement, la promotion et la révocation des personnels titulaires de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale, ainsi que sur la nomination et la révocation des directeurs des unités de recherche.

Le directeur général de l'institut, le secrétaire général et les directeurs et les conseillers scientifiques de l'institut peuvent assister, avec voix consultative, aux séances du conseil et de la délégation permanente.