Le secrétaire de chaque conseil supérieur est un officier général ou supérieur désigné par le vice-président. Responsable de la préparation des questions soumises au conseil et de la sécurité des travaux du conseil, il assiste aux réunions et assure la rédaction des procès-verbaux.

Toutefois, pour les réunions consacrées aux questions relatives aux officiers généraux, le secrétariat du conseil est assuré par l'officier général ou supérieur, chef du bureau des officiers généraux.