La commission professionnelle consultative crée une sous-commission d'études générales chargée de traiter les questions communes à l'ensemble des secteurs professionnels de son ressort. Elle prépare le programme de travail de la commission à la demande de cette dernière, elle peut être chargée de la préparation de ses travaux, ainsi que d'études particulières.
Des sous-commissions spécialisées, dont notamment les sous-commissions Production agricole, Transformation des produits agricoles, Commercialisation des produits agricoles et Activités du secteur tertiaire, ainsi que des groupes de travail et, chaque fois que cela est nécessaire, des groupes de travail interprofessionnels sont institués dans les conditions prévues aux articles D. 335-33 et D. 335-34 du code de l'éducation.
Chacun des quatre collèges est représenté dans les sous-commissions.