Une commission nationale de coordination, nommée par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, propose la liste des établissements d'enseignement supérieur autorisés à organiser le CLES.

Elle assure le suivi de la mise en œuvre du CLES et l'animation du réseau des établissements organisateurs.

L'évaluation de la mise en œuvre du CLES par les établissements est réalisée dans le cadre de la politique contractuelle. En fonction des résultats de cette évaluation, la commission nationale de coordination propose toute mesure de nature à améliorer le dispositif tant au niveau local qu'au niveau national, à en favoriser la reconnaissance au niveau national et au niveau international et à assurer sa promotion auprès des étudiants et des établissements.

Les résultats des travaux de la commission font l'objet d'une présentation au CNESER.