L'exploitant du système d'assainissement, ou à défaut la commune, doit mettre en place un programme d'autosurveillance de chacun de ses principaux rejets et des flux de ses sous-produits. Les mesures sont effectuées sous sa responsabilité.

La nature et la fréquence minimale des mesures sont fixées par les annexes I et II (relatives respectivement aux stations et aux réseaux). Pour la mise en place du système, des fréquences plus rapprochées peuvent être fixées afin de valider le dispositif de surveillance.