Le procédé de compostage débute par une phase de fermentation aérobie de la matière, avec aération de la matière obtenue par retournements et/ou par aération forcée. Cette phase aérobie est conduite selon les dispositions indiquées à l'annexe I.

Le temps de séjour des matières en cours de fermentation aérobie compostées dans la zone correspondante est au minimum de trois semaines, durée pouvant être réduite à deux semaines en cas d'aération forcée.

A l'issue de la phase aérobie, le compost sont dirigés vers la zone de maturation.

L'exploitant fixe les conditions et les moyens de contrôle permettant d'éviter l'apparition de conditions anaérobies au niveau du stockage des matières entrantes ou lors des phases de fermentation ou de maturation. La hauteur maximale des tas et andains de matières fermentescibles lors de ces phases est à cet effet limitée à 3 mètres. La hauteur peut être portée à 5 mètres si l'exploitant démontre que cette hauteur n'entraîne pas de nuisances et n'a pas d'effet néfaste sur la qualité du compost.

L'aire de stockage des composts finis est dimensionnée de façon à permettre le stockage de l'ensemble des composts fabriqués pendant une durée correspondant à la plus importante période pendant laquelle les sorties de site ne sont pas possibles, sauf si l'exploitant dispose de possibilités suffisantes de stockage sur un autre site.

L'exploitant d'une installation de production de compost destiné à un retour au sol (compost mis sur le marché ou épandu, matière intermédiaire telle que définie à l'article 2) instaure une gestion par lots séparés de fabrication, depuis la constitution des andains jusqu'à la cession du compost. Il indique dans son dossier de demande d'autorisation l'organisation mise en place pour respecter cette gestion par lots. Il tient à jour un document de suivi par lot sur lequel il reporte toutes les informations utiles concernant la conduite de la dégradation des matières et de l'évolution biologique du compostage et permettant de faire le lien entre les matières entrantes et les matières sortantes après compostage. Lorsqu'elles sont pertinentes en fonction du procédé mis en œuvre, les informations suivantes sont en particulier reportées sur ce document :
- nature et origine des produits ou déchets constituant le lot ;
- rapport C/ N, taille des particules des déchets entrants ;
- mesures de température et d'humidité relevées en différents points au cours du processus (la surveillance du taux d'humidité dans l'andain n'est pas applicable aux procédés confinés lorsque des problèmes sanitaires ou de sécurité ont été mis en évidence. Dans ce cas, il est possible de contrôler le taux d'humidité avant de charger les déchets dans l'unité de compostage confiné, puis de moduler ce taux à la sortie des déchets de l'unité de compostage confiné) ;
- dates des retournements ou périodes d'aération et des arrosages éventuels des andains, ou informations sur l'aération de l'andain (par exemple, concentration d'O2 ou de CO2 dans l'andain, température des flux d'air en cas d'aération forcée) ;
- porosité, hauteur et largeur des andains.
Les mesures de température sont réalisées conformément à l'annexe I. La durée du compostage doit être indiquée pour chaque lot.
Ce document de suivi est régulièrement mis à jour, archivé et tenu à la disposition de l'inspection des installations classées pour une durée minimale de dix ans en cas de retour au sol des composts ou des déchets.
Les anomalies de procédé et les non-conformités des produits finis doivent être relevées et analysées afin de recevoir un traitement nécessaire au retour d'expérience de la méthode d'exploitation.
Le préfet peut toutefois adapter les dispositions ci-dessus dans le cas du compostage de déjections animales.