Le centre est tenu de faire évoluer son organisation en fonction de la complexité et du volume des visites médicales effectuées et de l'évolution de la réglementation, afin de garantir un niveau de qualité constant.
Toute modification apportée par le centre aux dispositions incluses dans les " spécifications d'agrément pour les visites médicales " doit être soumise à l'accord du ministre chargé de l'aviation civile après avis du conseil médical de l'aéronautique civile. Celui-ci peut demander que ces dispositions soient modifiées s'il apparaît qu'elles ne sont pas suffisantes pour garantir le niveau de qualité exigé.