Le centre d'études en sciences sociales de la défense est rattaché à la direction de la fonction militaire et du personnel civil dont il constitue un organisme déconcentré.

Le directeur du centre d'études en sciences sociales de la défense est soit un professeur d'université (en activité), soit un directeur de recherches du centre national de la recherche scientifique, soit un officier général (1re section), nommé par arrêté du ministre chargé des armées pour une durée de quatre ans renouvelable une fois.

Il préside un comité directeur.

Il est assisté par un conseil scientifique.