Le service à compétence nationale « Systèmes d'information budgétaire, financière et comptable de l'Etat », qui prend la dénomination usuelle d'« Agence pour l'informatique financière de l'Etat », est composé de deux sous-directions, de trois missions et d'un secrétariat général qui, en tant que de besoin, peuvent être organisés en départements.
Un directeur adjoint assiste le directeur du service.