Le comité EMAS est composé de 3 collèges comprenant chacun entre 5 et 9 membres : collège des représentants d'entreprises ou de groupements professionnels, collège des représentants d'associations de consommateurs ou de protection de l'environnement, ou d'organismes bénéficiaires d'action de protection de l'environnement, ou d'organismes experts et collège des représentants des pouvoirs publics. Ils sont nommés par arrêté de la ministre chargée de l'environnement pour une période de trois ans renouvelable.
Le ministre nomme le président du comité EMAS parmi ses membres. Celui-ci est nommé pour une période de trois ans. En cas d'empêchement du président, le comité est présidé par un membre titulaire.
Il appartient à chaque membre de désigner son suppléant et d'en informer le président du comité.
D'autres personnalités peuvent être invitées par le président du comité à participer au comité lorsque les sujets mis à l'ordre du jour le nécessitent. Ces personnalités ne participent pas aux délibérations.