Le conseil comprend, outre son président et son secrétaire général :

• le président du comité permanent de coordination des inspections ;
• les directeurs généraux, directeurs et chefs de service directement rattachés au ministre ;
• le président du groupement des directeurs régionaux de l'agriculture et de la forêt ;
• le président du groupement des directeurs départementaux de l'agriculture et de la forêt ;
• le président du groupement des directeurs départementaux des services vétérinaires ;
• un représentant des établissements publics locaux d'enseignement et un représentant des établissements d'enseignement supérieur désignés par le directeur général de l'enseignement et de la recherche ;
• le contrôleur financier ;
• le haut fonctionnaire de défense ;
• un directeur général de chacun des offices sous tutelle ;
• le directeur général du CNASEA ;

Un représentant du ministère de l'écologie et du développement durable participe aux travaux dès lors qu'il s'agit d'un projet dont il assure la maîtrise d'ouvrage.