La commission ne peut délibérer valablement que lorsque le quorum est atteint et que la parité est respectée. Le quorum s'entend comme un nombre de membres présents au moins égal à la moitié des membres composant chacune des sections. Lorsque le nombre de sièges est impair, le quorum est atteint lorsque sont présents, dans chacune des sections, la moitié du nombre de membres par section arrondie à l'unité supérieure.
En cas d'impossibilité de siéger, les membres de la commission peuvent soit se faire représenter par leurs suppléants soit donner délégation de vote à un autre membre de la même section, auquel cas aucun membre ne peut recevoir plus d'une délégation.
Les membres de la commission sont soumis au secret des délibérations dans les conditions prévues par le code pénal.
Pour les points de l'ordre du jour requérant un vote, un scrutin est organisé, dans un premier temps, au sein de chacune des deux sections composant la commission. Les présidents des deux sections présentent, dans un second temps, aux membres de la commission le résultat des délibérations menées au sein de leur section. En cas de partage égal des voix, il est procédé à un deuxième vote au cours de la même séance. Le scrutin est alors plénier et le vote individuel s'établit à bulletin secret. Le nombre de votes est calculé sans tenir compte des bulletins blancs ou nuls ou des abstentions.
La Commission Paritaire Nationale est réputée arrêter sa position lorsqu'une proposition recueille la moitié des voix de l'ensemble de ses membres plus une voix. En cas de partage égal des voix, l'absence d'accord est actée dans le procès-verbal.
Le secrétariat est chargé d'établir un relevé de décisions de chaque réunion de la commission dans les 45 jours suivant celle-ci, hormis dans les cas régis par les articles 46 et 47 de la présente convention où ce délai est réduit. Il est signé par le président et le vice-président de la commission et adressé à chaque organisme national d'assurance maladie obligatoire et à chaque syndicat représenté au sein de la commission.