Le directeur général de FranceAgriMer ou son représentant assure la gestion courante du fonds et tient le comité régulièrement informé de sa situation, détaillée en fonction de ses sources d'alimentation, ainsi que du déroulement des opérations auxquelles participe le fonds. Il signe les actes engageant le fonds, il prend ou fait prendre toute garantie pour le compte du fonds et représente celui-ci dans toutes les actions judiciaires ou contentieuses consécutives aux opérations engagées.