La commission spécialisée « évaluation, stratégie et prospective » réunit l'expertise scientifique nécessaire pour l'analyse de l'évolution de la santé de la population, l'identification des principaux déterminants de cette évolution, l'évaluation des plans et programmes de santé ainsi que l'évaluation de l'impact sur la santé des autres politiques publiques.
Les directeurs généraux de l'Institut de veille sanitaire, de l'Agence nationale chargée de la sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail, de l'Institut national de prévention et d'éducation pour la santé, de l'Institut national de lutte contre le cancer et de la Haute Autorité de santé, ou leurs représentants, sont membres de droit de cette commission spécialisée.