Le Haut Conseil de la santé publique comprend les commissions spécialisées suivantes :
― maladies transmissibles ;
― maladies chroniques ;
― risques liés à l'environnement ;
― sécurité des patients : infections nosocomiales et autres événements indésirables liés aux soins et aux pratiques ;
― prévention, éducation et promotion de la santé ;
― évaluation, stratégie et prospective.