Les 39 cartes au 1/25 000 et la carte d'assemblage au 1/180 000 annexées au présent arrêté abrogent et remplacent les cartes annexées à l'arrêté du 18 mai 2015 portant désignation du site Natura 2000 « Vallées de la Loue et du Lison » (zone de protection spéciale) FR4312009. L'espace ainsi délimité s'étend :
Dans le département du Doubs :

- sur une partie du territoire des communes suivantes : Amancey, Amondans, Arc-et-Senans, Arc-sous-Cicon, Aubonne, Bartherans, Brères, Buffard, Busy, Cessey, Chantrans, Charnay, Chassagne-Saint-Denis, Châteauvieux-les-Fossés, Châtillon-sur-Lison, Chay, Chenecey-Buillon, Chouzelot, ,, Cléron, Courcelles, Crouzet-Migette, Cussey-sur-Lison, Durnes, Echay, Echevannes, Epeugney, Etalan, Eternoz, Fertans, Flagey, Goux-sous-Landet, Guyans-Durnes, Lavans-Quingey, Lavans-Vuillafans, Liesle, Lizine, Lods, Lombard, Longeville, Malans, Malbrans, Montgesoye, Montmahoux, Mouthier-Haute-Pierre, Myon, Nans-sous-Sainte-Anne, Ornans, Ouhans, Palantine, Pessans, Premiers Sapins, Quingey, Renedale, Rennes-sur-Loue, Rouhe, Rurey, Sainte-Anne, Saraz, Saules, Scey-Maisières, Silley-Amancey, Tarcenay-Foucherans, Villeneuve-d'Amont, Vorges-les-Pins ;
- sur la totalité du territoire des communes suivantes : Cademène, Mesmay, Vuillafans.

Dans le département du Jura :

- sur une partie du territoire des communes suivantes : Cramans, Dournon, Geraise, Grange-de-Vaivre, Port-Lesney ;
- sur la totalité du territoire de la commune suivante : Champagne-sur-Loue.