En cas d'octroi d'une dérogation, la décision précise la motivation de celle-ci et, en tant que de besoin, en fonction de la nature de l'opération projetée, les conditions de celle-ci, notamment :

- indications relatives à l'identité du bénéficiaire ;
- habitats naturels concernés ;
- période ou dates d'intervention ;
- lieux d'intervention ;
- s'il y a lieu, les mesures de réduction ou de compensation mises en œuvre, ayant des conséquences bénéfiques pour les habitats naturels concernés ainsi qu'un délai pour la transmission à l'autorité décisionnaire du bilan de leur mise en œuvre ;
- description du protocole des interventions ;
- modalités de compte rendu des interventions ;
- durée de validité de la dérogation.

Les dérogations accordées sont publiées au recueil des actes administratifs du département.