Il est mis en place, à compter de l'année universitaire 1996-1997, une formation de troisième cycle conduisant au certificat d'études approfondies vétérinaires en gestion de la sécurité et de la qualité des denrées alimentaires, dispensée conjointement par les écoles nationales vétérinaires d'Alfort, Lyon, Nantes et Toulouse.
La direction administrative de la formation est assurée par le directeur de l'Ecole nationale vétérinaire d'Alfort.