Le contrôleur contribue notamment, en vue de leur prévention, à l'identification des risques financiers, directs ou indirects, auxquels l'ISAE est susceptible d'être confronté. A cette fin, il s'appuie sur une analyse des risques et de la performance.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec l'ISAE, les circuits et procédures mis en place. Il coordonne son intervention avec celle de l'agent comptable au titre du contrôle allégé partenarial.