Le contrôleur financier assure l'information des ministre chargés de la santé, de l'outre-mer et du budget en adressant, notamment, avant le 30 juin de chaque année, un rapport sur les résultats de son activité au titre de l'année précédente.
A la demande des autorités de tutelle, il peut être amené à procéder à toutes études portant sur la gestion administrative et financière de l'agence.