L'agrément est accordé pour le territoire suivant :

- en région Auvergne-Rhône-Alpes : départements de l'Allier, du Cantal, de la Haute-Loire, du Puy-de-Dôme, de l'Ardèche, de la Loire, du Rhône ;
- en région Nouvelle-Aquitaine : départements de la Corrèze, de la Creuse, de la Haute-Vienne.

Le conservatoire botanique du Massif central assure également la coordination biogéographique des actions mises en œuvre par les conservatoires botaniques nationaux pour le territoire du Massif central tel que défini par le décret n° 2004-69 du 16 janvier 2004 susvisé.