La subvention peut donner lieu, sur demande du bénéficiaire adressée au préfet, au versement d'un seul acompte, sous réserve que ce dernier atteigne la somme de 1 500 et dans la limite de 80 % du montant de l'aide.
Conformément au règlement (CE) n° 1975/2006, la direction départementale de l'agriculture et de la forêt (DDAF) ou la direction départementale de l'équipement et de l'agriculture (DDEA) peut être conduite à réaliser avant paiement du solde une visite sur place, afin de vérifier la conformité des investissements réalisés.
Les paiements sont effectués sur la base de justificatifs de dépenses admissibles fournis par le bénéficiaire. La DDAF ou DDEA vérifie l'éligibilité des dépenses pour lesquelles le bénéficiaire demande le versement de l'aide. En cas de différence, les réductions prévues à l'article 31 du règlement (CE) n° 1975/2006 sont appliquées.