La sous-direction des espaces protégés assume la responsabilité des politiques non décentralisées de protection des espaces :
En assurant la mise en oeuvre et l'adaptation au contexte de la décentralisation des législations sur les abords des monuments historiques, les sites (loi de 1930), les secteurs sauvegardés (loi de 1962), ainsi que le suivi des zones de protection du patrimoine architectural et urbain (loi du 7 janvier 1983) ;
En conduisant, au titre des missions générales, la mise en valeur des espaces protégés, la formation et la sensibilisation des acteurs concernés ainsi que la recherche sur des champs patrimoniaux remarquables non encore protégés.