La thèse, prévue à l'article 5, consiste en un mémoire dactylographié rédigé en français. Le sujet du mémoire, pouvant porter sur plusieurs thèmes de préférence en rapport avec l'activité de l'étudiant pendant son stage professionnel, doit être approuvé par le directeur de l'unité de formation et de recherche dispensant des formations pharmaceutiques.
Le jury, désigné par le président de l'université, sur proposition du directeur de l'unité de formation et de recherche dispensant des formations pharmaceutiques, comprend au moins trois membres :

• un enseignant chercheur, habilité à diriger des recherches exerçant dans l'unité de formation et de recherche dispensant des formations pharmaceutiques, président ;
• deux autres membres dont un obligatoirement choisi parmi les personnes extérieures à l'unité de formation et de recherche dispensant des formations pharmaceutiques.

La participation du maître de stage est souhaitée. Un des membres du jury doit être titulaire du diplôme d'Etat de pharmacien ou de docteur en pharmacie.
Le jury peut soit refuser la thèse, soit l'admettre, éventuellement avec l'une des mentions suivantes : passable, assez bien, bien ou très bien. Il peut également, exceptionnellement, proposer au président de l'université l'impression du mémoire.

Pour les internes en pharmacie, le mémoire du diplôme d'études spécialisées tient lieu, le cas échéant, de thèse en vue du diplôme d'Etat de docteur en pharmacie.
Pour les internes en pharmacie de la filière de recherche médicale, la thèse prévue par l'arrêté du 5 juillet 1984 relatif aux études doctorales tient lieu de thèse en vue du diplôme d'Etat de docteur en pharmacie.

Les internes qui abandonnent leurs fonctions en cours d'internat doivent valider la sixième année de pharmacie. Des aménagements d'études et des équivalences d'enseignement peuvent leur être accordées par le directeur de l'unité de formation et de recherche dispensant des formations pharmaceutiques.

Le diplôme d'Etat de docteur en pharmacie n'est délivré qu'aux étudiants ayant accompli et validé, durant leur scolarité, un stage d'une durée au moins équivalente à six mois temps plein, dans une officine ouverte au public, dans une pharmacie mutualiste, dans une pharmacie d'une société de secours minière ou dans un établissement de santé, sous la responsabilité du personnel médical et pharmaceutique de cet établissement.