Une fois leur agrément provisoire obtenu, les ingénieurs-conseils et contrôleurs de sécurité stagiaires s'engagent dans la deuxième phase du parcours de formation.
D'une durée maximale de huit mois, cette phase vise à leur permettre d'acquérir l'ensemble des compétences requises pour l'exercice de leur futur métier.
Au cours de cette phase, un contrôle continu prenant la forme, notamment, d'une étude de cas est organisé par l'organisme de formation en relation avec la Caisse nationale de l'assurance maladie pour vérifier le niveau de maîtrise des compétences attendues.
L'organisme de formation est chargé d'évaluer ce niveau de maîtrise. Il adresse son rapport d'évaluation au stagiaire et au directeur de la caisse régionale afin que, si besoin, des mesures d'accompagnement spécifiques soient mises en œuvre par la caisse.
A l'issue de cette deuxième phase de formation, le directeur de la caisse régionale adresse une demande motivée d'agrément définitif au directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie.