Les offices agricoles sont compétents pour procéder à l'instruction des dossiers présentés par les entreprises.
En leur qualité d'organismes instructeurs, ils présentent leurs propositions au comité en conformité avec les orientations générales retenues et les intérêts stratégiques de la filière et de leur secteur d'activité.
L'instruction réalisée par ces organismes peut être complétée par une analyse financière confiée à l'un des établissements financiers associés au comité et, le cas échéant, par un avis de la ou des missions économiques concernées par le projet, saisie alors par le représentant de la DGTPE.
Les organismes instructeurs prennent en charge le versement du soutien financier aux entreprises retenues après avis du comité.
Le versement de l'aide financière fait l'objet d'une convention passée entre l'organisme instructeur et l'entreprise bénéficiaire qui décrit notamment les obligations et engagements auxquels se soumet l'entreprise.