Le plan de contrôle fixe un objectif de taux de contrôle qui ne peut être inférieur à 3 % du nombre de dossiers ordonnancés, sauf dérogation dûment justifiée par des circonstances exceptionnelles décrites dans le plan de contrôle.
Certains contrôles peuvent être délégués par convention aux services instructeurs. Dans ce cas, l'agent comptable procède à la supervision de ces contrôles.
Les dossiers contrôlés font l'objet d'un marquage permettant aux corps de contrôle de les identifier.