Les dépenses de fonctionnement et d'équipement d'infrastructures du centre de prestations et d'ingénierie informatiques sont prises en charge sur le programme support du ministère de l'écologie, de l'énergie, du développement durable et de la mer, en charge des technologies vertes et des négociations sur le climat.
Les dépenses d'études et d'équipement liées à une mission ou commande spécifique d'une direction générale sont prises en charge sur un programme de cette direction.
Le directeur du centre est représentant du pouvoir adjudicateur pour tout marché conclu par le centre.