Chaque dépôt de semence est placé sous la responsabilité d'un chef de centre titulaire d'une licence.
Le dépôt de semence d'un centre de mise en place peut être composé d'un dépôt principal et de dépôts annexes répartis dans la zone à desservir.
Chaque dépôt de semence comprend les locaux et le matériel propres à assurer l'exécution correcte des opérations de réception, de conservation et d'expédition de la semence, ainsi que les locaux nécessaires au personnel chargé d'effectuer les manipulations, les enregistrements et les contrôles se rapportant à la gestion du dépôt.

Dans chaque dépôt de semence, les manipulations de doses de semence sont effectuées par le chef de centre ou sous sa responsabilité directe.
Chaque mouvement d'entrée ou de sortie de semence intéressant le dépôt est consigné, au fur et à mesure, sur des fiches de stock à numérotation continue, de format et de présentation normalisés. Sont notamment portés sur ces fiches :
Identification du taureau ;
Nombre de doses ;
Référence des doses ;
Date d'entrée ou de sortie ;
Code de repérage dans le container ;
Origine ou destination ;
Nature de l'opération ;
Perte éventuelle à l'entrée ou à la sortie.
Ces documents devront être tenus et conservés pour permettre toute exploitation mécanographique éventuelle.
A chacun des containers du dépôt est affecté un document normalisé permettant d'identifier et de localiser avec précision les doses de semence qui y sont conservées. Ce document de repérage est tenu à jour, au fur et à mesure des entrées et sorties opérées sur le container.