Le bureau de coordination des affaires européennes est chargé de veiller à l'harmonisation des positions prises par les différents bureaux de la direction générale des douanes et droits indirects sur les questions européennes. Il participe aux réunions interministérielles préparant les positions françaises au sein des instances européennes et représente l'administration douanière dans les groupes du Conseil ou de la Commission européenne dont les travaux relèvent de la compétence de plusieurs bureaux.

Ce bureau suit, en outre, pour l'administration des douanes et droits indirects, les questions de justice et affaires intérieures relevant du titre VI du traité sur l'Union européenne et coordonne la mise en oeuvre des dispositions de la convention de Schengen.