Le pôle de contractualisation et de financement des établissements de formation et de recherche est doté d'un comité d'audit.
Ce comité est chargé de veiller à l'indépendance et au bon déroulement des audits demandés par le conseil d'orientation. Il assure la qualité et l'objectivité du rapport annuel relatif à la performance des établissements. Il rend un avis sur les ressources allouées au pôle. Il expertise toute question relative au système d'allocation des moyens.
Les membres du comité d'audit du pôle de contractualisation et de financement des établissements de formation et de recherche sont désignés par le conseil d'orientation, en son sein.