Par arrêté du ministre de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche et du ministre de la culture et de la communication en date du 15 décembre 2004, le centre d'études médiévales d'Auxerre est agréé pour l'exécution de fouilles d'archéologie préventive au titre des périodes chronologiques suivantes :
Moyen Age, Période moderne.
Le présent agrément est délivré pour une durée de cinq ans. En cas de changement substantiel affectant, durant cette période, les conditions au vu desquelles l'agrément a été accordé, le titulaire en informe le ministre chargé de la culture dans un délai de deux mois.