Le directeur central du génie est assisté d'un directeur central adjoint, officier général de l'armée de terre, et d'un deuxième adjoint, officier supérieur de l'armée de terre. Le bureau affaires réservées et le bureau pilotage sont rattachés au directeur central.

Le directeur central adjoint remplace le directeur central en cas d'absence ou d'empêchement. Il assure la direction générale des systèmes d'information du service du génie. Le bureau coordination des systèmes d'information lui est rattaché.

Le deuxième adjoint assure la coordination des activités de la direction centrale du génie. Il exerce, pour celle-ci, les attributions d'autorité militaire de premier niveau et de commandant de formation administrative. Le service des moyens généraux lui est rattaché.