Par arrêté du ministre de l'économie et des finances et du ministre délégué auprès du ministre de l'économie et des finances, chargé du budget, en date du 14 mai 2013, le groupement d'intérêt public « Agence française pour des villes et territoires méditerranéens durables » est soumis au contrôle économique et financier de l'Etat prévu par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955 modifié. Le directeur régional des finances publiques de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur est désigné pour exercer ce contrôle.