Les animaux malades ou suspects ne doivent pas être abattus dans ce type d'établissement, sauf dérogation donnée par le directeur des services vétérinaires.
En cas de dérogation, l'abattage doit intervenir sous le contrôle du vétérinaire inspecteur et les mesures doivent être prises pour éviter toute contamination ; les locaux doivent être spécialement nettoyés et désinfectés sous contrôle des services vétérinaires avant d'être réutilisés.