La maîtrise d'ouvrage du répertoire FINESS est assurée conjointement par la délégation à la stratégie des systèmes d'information de santé, la direction générale de l'offre de soins, la direction générale de la cohésion sociale et la direction de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques.
La direction générale de la santé, la direction générale de l'offre de soins et la direction générale de la cohésion sociale déterminent avec la direction de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques les règles d'enregistrement des informations dans le répertoire et suivent leur mise en œuvre.
La maîtrise d'œuvre est assurée par la direction de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques.