Les données sont enregistrées dans le répertoire FINESS selon l'une ou l'autre des procédures suivantes :
― dans les guichets d'enregistrement situés dans les agences régionales de santé, les directions régionales de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale, la direction régionale et interdépartementale de l'hébergement et du logement d'Ile-de-France ainsi que dans les directions départementales concernées, au vu des décisions d'autorisation, de création, de transformation ou d'extension des établissements ou de l'arrêt de leur activité ;
― via des flux de données numériques émanant de systèmes d'information de partenaires institutionnels ;
― dans le cadre de procédures particulières visant à améliorer la qualité des données du répertoire.