Par arrêté du ministre de l'économie et des finances et du ministre de l'action et des comptes publics en date du 13 mars 2020, le groupement d'intérêt public « Fonds de compensation Nantes-Atlantique » est soumis au contrôle économique et financier prévu par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955.
Le directeur régional des finances publiques des pays de la Loire est désigné pour exercer ce contrôle.