Le secrétariat prépare les travaux du CEND en concertation avec les services placés sous l'autorité des membres titulaires, ainsi qu'avec ceux placés sous l'autorité du délégué à la sûreté nucléaire et à la radioprotection pour les installations et activités intéressant la défense, du directeur général de la gendarmerie nationale, du directeur central du service de santé des armées et du délégué à l'information et à la communication de la défense.
Il peut faire appel à des experts, des groupes de travail existants ou constitués à son initiative, ainsi qu'à des représentants d'autres ministères. Il en rend compte au président du CEND.