Le conseil de discipline est présidé par un représentant du gestionnaire ; le directeur départemental de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes (DDCCRF), le directeur départemental de l'agriculture et, le cas échéant, le directeur régional de l'agriculture et de la forêt, ou leurs représentants, y siègent de droit. Ledit conseil comprend deux représentants des opérateurs et usagers, désignés dans les conditions fixées par le règlement intérieur.
Le conseil de discipline auditionne toute personne qu'il juge utile, et notamment un officier de police judiciaire ou son représentant.